黑暗中的基因组扩张：Xibalbanus tulumensis 的重复富集基因组揭示六足动物姐妹群演化
研究团队完成 Xibalbanus tulumensis 染色体级组装，揭示其重复富集基因组及六足动物姐妹群的演化信号。基因组跨度为 8.05 Gb，由 30 条染色体尺度 scaffold 构成，重复元件约占 71%；恢复超过 97% 的节肢动物直系同源基因，并发现 Xibalbins 等毒液基因家族扩张及古老融合混合信号。
#多组学/基因组
bioRxiv · GenomicsAI 评分4141 bioRxiv · GenomicsAI 评分4646 SHADES：多尺度单倍型特征区分不同进化过程
SHADES 深度学习框架利用多尺度序列差异及频率，区分中性演化、选择性扫荡、平衡选择与适应性基因渗入。它在分类准确率和检验效能上优于多种同期方法，对多项混杂因素保持稳健。应用于欧洲人群单倍型变异时，SHADES 重新检出三类选择信号，并识别出与免疫防御、炎症调节和上皮屏障生物学广泛相关的新基因。
bioRxiv · BioinformaticsAI 评分5454 CALMeR：基于上下文感知 MAPQ 建模的长读长转录本定量
CALMeR通过基于转录本属性和read级特征的上下文感知MAPQ建模，改进长读长RNA测序的转录本定量。它采用零一膨胀 beta 回归拟合每条alignment的期望MAPQ分布，保留多isoform基因和paralog family中符合情境的低MAPQ reads，并移除疑似artifact的异常低MAPQ reads。
bioRxiv · GenomicsAI 评分5252 首批高质量蝾螈基因组组装解析巨型基因组功能元件
研究团队生成 Ambystoma mexicanum 的 32 Gb 单倍型组装，并识别出 >523,000 个高度保守非编码元件。组装来自该物种与亲缘较远的 A. tigrinum 的 F1 杂交个体，研究通过符合 VGP 指标的多基因组比对和核型结构保守性定位这些元件。
bioRxiv · GenomicsAI 评分4848 Braarudosphaera bigelowii 基因组揭示固氮细胞器相关的细胞重塑
FR-21 基因组研究呈现 Braarudosphaera bigelowii 的核基因组及 nitroplast 等细胞器基因组资源。核基因组含约 16,000 个预测蛋白编码基因；氮代谢分析显示硝酸盐、亚硝酸盐同化组分缺失，nitroplast 靶向的 flavodoxin 与 cryptochrome 基因扩张。
NCBI GEO · 每日新增数据集同事件AI 评分7171 Spatial-GT-seq 空间基因组与转录组联合定位揭示肿瘤组织克隆异质性（GSE276211）
研究团队提出 Spatial-GT-seq，可在同一肿瘤组织中以近单细胞分辨率联合检测基因组和转录组。在肺转移小鼠模型中，团队原位识别出肿瘤亚克隆，并发现同一克隆的基因表达会随肿瘤微环境改变。对原发和复发的人胰腺神经内分泌肿瘤分析还显示存在持续克隆与新出现克隆，且转录表达发生变化。
NCBI GEO · 每日新增数据集精选AI 评分7474 Spatial-GT-seq 联合定位肿瘤基因组与转录组揭示克隆异质性（GSE276212）
GEO 数据集 GSE276212 收录的 Spatial-GT-seq 研究，在同一肿瘤组织中以近单细胞分辨率联合分析基因组与转录组。在肺转移小鼠模型中，研究识别出肿瘤亚克隆，并显示同一克隆的基因表达谱会受到肿瘤微环境改变。对原发与复发人胰腺神经内分泌肿瘤的分析则识别出持续存在和新出现的亚克隆，两处样本均出现转录变化。
推荐理由：Spatial-GT-seq 将基因组与转录组在近单细胞分辨率下联合定位，可用于研究肿瘤亚克隆、转录状态与微环境之间的关联。
Genetic Engineering & Biotechnology NewsAI 评分7070 Parse Biosciences 与 Nomic Bio 合作生成 Cascade 100 Million-Cell AI-Ready 多模态扰动数据集
Parse Biosciences 与 Nomic Bio 宣布合作生成 Cascade，一套面向人类免疫响应的 100 million-cell 基础多模态扰动数据集。
bioRxiv · GenomicsAI 评分5252 ChAI-Net 从 DNA 序列学习染色质共可及性的调控规则
研究团队将单分子长读长 footprinting 与深度学习结合，训练 ChAI-Net 从 DNA 序列预测小鼠胚胎干细胞中的位点特异性染色质共可及性图谱。模型解释与 in silico 实验显示，ChAI-Net 识别了增强子、启动子和 CTCF 结合位点中不同的序列 motif 组合，其中许多 motif 在平均可及性建模中未被发现。
bioRxiv · GenomicsAI 评分5858 FiberBrowser：单分子基因组学统一分析框架
研究团队提出 FiberBrowser，将多种单分子染色质 footprinting 数据集转换为统一的逐分子表示，支持核小体、可及 DNA 和亚核小体 footprint 的交互及脚本分析。
Genetic Engineering & Biotechnology NewsAI 评分5454 Nature论文揭示围产期广泛CNV神经元被选择性清除
Harvard Medical School、Boston Children’s Hospital及合作者在Nature论文中报告，发育中大脑会选择性清除携带广泛拷贝数变异的神经元。
bioRxiv · GenomicsAI 评分5757 研究在小鼠肝脏原位解析细胞类型身份与状态特化调控网络
研究在小鼠肝脏原位构建状态级核心调控网络，发现保持位置与相互作用不变的crTF子网络定义细胞类型身份，可变外围网络则支撑细胞状态特化。研究提出LCM-Spatial-ATAC-seq方法，以从微切割细胞群获得bulk级数据质量，并显示状态间约三分之一的网络交互分布在可变外围网络。
bioRxiv · BioinformaticsAI 评分6767 人类转录起始序列基础的深度模型图谱
He、Tian 和 Kundaje 构建了一个基于超过 200 个转录起始谱实验的深度模型图谱，覆盖人类主要器官和多种癌症类型。模型可从局部 DNA 序列准确预测转录起始模式，并在不同细胞环境中解码序列决定因素。
bioRxiv · GenomicsAI 评分4141 迈向完整的二倍体鸡基因组：三联体测序与单倍型解析
研究团队利用三联体测序，以雌鸡长读长序列并结合亲本长读长数据，构建出近乎完整、单倍型解析的父源和母源基因组组装。组装仅余14个缺口，但2条父源和4条母源染色体的端粒序列仍缺失；GGswu2还解析了超过50 Mb此前未解决区域，主要位于点染色体。
bioRxiv · GenomicsAI 评分5050 CNVSIM：用于癌症亚型分型的可解释拷贝数参考图谱
研究团队开发 CNVSIM，将 CNV 谱组织为按癌症根源划分的参考空间，并定义亚型。155,881 项肿瘤样本分析支持建立覆盖 19 个癌症根源的 112 个 CNV 亚型，校准投影分配 85.7% 的留出谱。对细胞系 CNV 谱的投影显示，90/112 个亚型有代表性细胞系，并指出覆盖缺口。
Arc Institute · News精选AI 评分8282 Evo 2 利用上下文学习以数十个示例从头设计调控序列
Arc Institute 团队在两篇 bioRxiv 预印本中报告，Evo 2 仅用 4–64 个上下文示例且无需额外训练，即可生成覆盖 5 类调控模式的功能序列。
推荐理由：Evo 2 以少量上下文示例完成五类调控序列设计，并经 AAV 递送在小鼠脑内验证，为低样本生物序列生成提供了可复用路径。
RNA-Seq BlogAI 评分6767 Johns Hopkins University 团队开发 SpliceCOV 过滤 RNA 测序转录噪声
Johns Hopkins University 团队开发了机器学习工具 SpliceCOV，用于过滤 RNA 测序数据中的错误剪接位点与转录本边界信号，研究发表于 Genes。
RNA-Seq BlogAI 评分4343 纳米孔 RNA 测序揭示与 RNA 修饰相关的新序列模式
美因茨大学医学中心人类遗传学研究所用纳米孔直接 RNA 测序结合计算分析，在 HEK293T 细胞和人外周血中识别 RNA 修饰候选序列模式。研究先复现 m⁶A 的已知 DRACH motif，再提出假尿嘧啶（Ψ）、肌苷（I）及 5-甲基胞嘧啶（m⁵C）的候选模式；Ψ 跨样本一致，m⁵C 较不一致，仍需实验验证。
Nature MethodsAI 评分6868 tskit 1.0 发布，确立数据格式与 API 的长期稳定性
tskit 1.0 已发布，正式为其数据格式和 API 提供长期稳定性保证。统一的数据模型将前向时间与溯祖模拟串联在同一工作流中，带来多个数量级的性能提升，并支持包含地理和选择因素的复杂人口史情景。模拟范围已扩展到基于大型人类家系的 nearly 1.5 million individuals 全常染色体 ARG；tskit 为免费开源软件，文档、教程、安装说明和源码均在 GitHub 提供。
Nature MethodsAI 评分5151 JEEPERS 检测并校正 jagged ends，提升 cfDNA 甲基化分析性能
JEEPERS 通过检测和校正 jagged-end 引起的误差，提升了 cfDNA 甲基化分析表现。该工具在癌症检测与监测等多种应用中展现出改进后的性能。论文于 29 October 2026 在线发表，链接为 https://www.nature.com/articles/s41592-026-03278-5。
RNA-Seq BlogAI 评分5858 研究揭示 STAT2 异常剪接与肺癌免疫治疗响应相关
The Jackson Laboratory 团队发现，STAT2 的 RNA 内含子保留会削弱干扰素信号，其剪接特征与肺癌患者 anti–PD-L1 免疫治疗响应相关。
RNA-Seq BlogAI 评分6868 UCSF在Cell发表鱿鱼RNA编辑蛋白质组研究
UCSF团队在Cell发表鱿鱼RNA编辑研究，利用Tesorai的AI辅助搜索模型识别近8,000个编辑事件和2,000多个重编码蛋白。这些蛋白占鱿鱼细胞已鉴定蛋白的20%，其序列在公开数据库覆盖的14,000多个物种中均未记录过。研究还发现，RNA编辑改变了蛋白的热稳定性、溶解性、活性、细胞定位和相互作用伙伴，并影响细胞器功能。
NVIDIA Blog精选AI 评分6161 NVIDIA 与 C-BRAIN 合作如何用 AI 加速 Alzheimer’s 病研究
NVIDIA 与 C-BRAIN 正利用 AI 和加速计算整合 Alzheimer’s 研究数据，并将部分分析从数周至数月缩短至数分钟。C-BRAIN 由 18 家机构组成，目前运行 64 块 NVIDIA 数据中心 GPU，并结合 Microsoft Azure 云节点，正与 NVIDIA 引入 NVIDIA BioNeMo 和 MONAI 技术。
推荐理由：文中给出 dark data 的混合集中与联邦处理方案，以及两个 agentic AI 工具的耗时与成本表现，便于理解 Alzheimer’s 研究的提速路径。
RNA-Seq Blog精选AI 评分7070 Dobner团队建立早期人类细胞命运标志面板并开发DeepDiff
Dobner、Prigione和Rossi团队建立了67个经验证的标志基因面板，并开发免费Web应用DeepDiff，用于自动注释bulk RNA-seq数据中的早期hPSC分化状态。
推荐理由：这项研究以67个经验证标志基因和DeepDiff整合转录与蛋白层信息，为hPSC分化状态判读提供可复用参考。
Nature Biotechnology精选AI 评分7676 DynaVelo从单细胞多组学快照预测B细胞动力学、功能缺失与救援扰动
DynaVelo从单细胞多组学快照建模B细胞动力学，并预测Arid1a、Ctcf功能缺失及其救援扰动。该生成式神经ODE联合建模RNA表达与TF motif可及性，恢复生发中心轨迹和动态基因调控网络。模型提出Ctcf、Bcl6、Stat3为Arid1a功能缺失的救援靶点，小鼠实验显示相应杂合双突变可将暗区/亮区比恢复至WT水平。
推荐理由：DynaVelo将单细胞快照转化为可扰动的动力学场，并以小鼠实验检验Ctcf、Bcl6和Stat3三个救援靶点。
Arc Institute · News精选AI 评分6464 Arc Institute 发布 Bolero 细胞状态条件序列模型
Arc Institute 发布 Bolero，以细胞状态嵌入动态调节序列到功能的 Transformer 模型，并将论文发布至 bioRxiv。模型使用原始 DNA 序列和源自 10.8-million-cell atlas 的 cell-state embedding，直接预测细胞状态特异的转录本丰度与染色质可及性。
推荐理由：Bolero 展示了按细胞状态动态生成网络权重的方法，并给出跨物种预测、疾病变异评分和增强子设计案例。
Nature Reviews GeneticsAI 评分5555 长读长测序时代的小变异检测方法综述
这篇综述系统比较了长读长测序在不同平台和应用场景下的小变异检测方法。内容涵盖深度学习、基于组装和基于泛基因组的方法，并讨论 benchmark 策略与未来挑战。DOI：10.1038/s41576-026-01020-7，原文链接：https://www.nature.com/articles/s41576-026-01020-7
Cell GenomicsAI 评分4545 序列到功能深度学习模型揭示低亲和力转录因子结合位点的隐藏功能
Weilert等人利用序列到功能的深度学习模型，在小鼠胚胎干细胞中系统绘制低亲和力先导因子结合位点。研究揭示，这些位点通过软语法核小体协同作用促进染色质开放；这类位点功能重要，但过去难以定位且机制知之甚少。
Arc Institute · News精选AI 评分6969 Arc Institute 等团队用 eclair-CLIP 构建 67 种 RNA 结合蛋白图谱
Arc Institute、Biohub、UCSF 和 Vector Institute 团队开发 eclair-CLIP，并为人类细胞中的 67 种癌症相关 RNA 结合蛋白建立图谱，在单核苷酸分辨率下映射超过 9 million 个 RNA 结合位点。
推荐理由：文章说明统一小标签和红外检测如何减少 CLIP-seq 对特异性抗体与放射性标记的依赖，并展示图谱进入模型训练后的应用路径。
Nature Reviews GeneticsAI 评分5151 scMORE 将遗传风险映射到单细胞分辨率的调控网络
scMORE 是一个整合 GWAS 与单细胞多组学数据的框架，用于在特定细胞类型和状态中识别与性状相关的调控网络。Yunlong Ma 在 Nature Reviews Genetics 的 Tools of the Trade 文章中介绍了这一框架。
Broad Institute · News精选AI 评分6969 Broad Institute 构建免疫细胞图谱，揭示遗传变异致病机制
Broad Institute 构建了包含来自超过 1,100 名芬兰献血者的 10 million 个以上免疫细胞图谱，用于关联疾病相关调控变异与其控制基因。方法以染色质可及性及其与邻近基因表达的关联为基础，识别更可能致病的遗传变异，并观察细胞如何缓冲关键基因表达。
推荐理由：该图谱将疾病相关调控变异与其控制基因相连接，并呈现细胞缓冲关键基因表达的方式，为遗传变异致病机制研究提供细胞级线索。
Broad Institute · News精选AI 评分6363 Broad Institute 推出 Delphy，快速构建高准确度病毒系统发育树
Broad Institute 研究人员创建网页应用 Delphy，用于根据病毒基因组数据实时绘制病毒演化图谱。它构建病毒系统发育树的速度比现有方法快 100 至 1,000 倍，同时保持准确性。公共卫生人员可将其用于疫情响应中的病毒变异追踪。
推荐理由：Delphy 将病毒系统发育树构建提速 100 至 1,000 倍并保持准确性，为公共卫生人员快速追踪病毒变异提供了可用的计算工具。
Broad Institute · NewsAI 评分5555 Mass General Brigham推出八种心血管疾病遗传风险检测
Mass General Brigham推出由临床医生订购的遗传检测，可估算个体在8种慢性心血管疾病中的遗传风险，现已面向患者开放自费使用。检测使用All of Us Research Program中236,393人的基因型和临床数据，通过PRSmix整合各疾病的多基因风险评分，并在Mass General Brigham Biobank的53,306人独立队列中完成外部验证。
Broad Institute · NewsAI 评分4747 Broad Institute与Mass General Brigham研究揭示房颤的新遗传根源
两项Broad Institute主导的房颤研究将已知常见风险位点数量翻倍至逾350个，并发现MYBPC3、LMNA、PKP2和KDM5B等此前未关联基因。团队汇总68项研究、逾180,000名患者数据，并通过基因编辑验证KDM5B参与心房电活动。部分基因或成新药靶点，两篇论文发表于Nature Genetics。
Broad Institute · News精选AI 评分6060 Broad Institute团队揭示亨廷顿病由HTT基因CAG重复扩张驱动
Broad Institute等机构团队在Cell发表研究，揭示亨廷顿病中HTT基因CAG重复扩张至约150次后，会导致纹状体投射神经元基因表达紊乱并死亡。研究分析了53名患者和50名非患者捐献的脑组织、超过500,000个单细胞，发现部分神经元可扩增至800次CAG重复，并指出降低HTT蛋白表达的候选疗法可能只影响少量细胞，提出减缓CAG重复扩张这一补充策略。
推荐理由：研究把亨廷顿病的致病过程定位到单细胞层面的CAG重复扩张，并据此提出减缓CAG重复扩张的潜在治疗方向。