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首批高质量蝾螈基因组组装解析巨型基因组功能元件

研究团队生成 Ambystoma mexicanum 的 32 Gb 单倍型组装，并识别出 >523,000 个高度保守非编码元件。组装来自该物种与亲缘较远的 A. tigrinum 的 F1 杂交个体，研究通过符合 VGP 指标的多基因组比对和核型结构保守性定位这些元件。

Braarudosphaera bigelowii 基因组揭示固氮细胞器相关的细胞重塑

FR-21 基因组研究呈现 Braarudosphaera bigelowii 的核基因组及 nitroplast 等细胞器基因组资源。核基因组含约 16,000 个预测蛋白编码基因；氮代谢分析显示硝酸盐、亚硝酸盐同化组分缺失，nitroplast 靶向的 flavodoxin 与 cryptochrome 基因扩张。

单细胞图谱揭示结直肠息肉发生早期共同的微环境重塑（GSE327909）

研究对3名患者的正常黏膜与结直肠息肉配对组织进行单细胞RNA测序，获得31,147个高质量细胞，构建早期共同微环境重塑图谱。四项特征为上皮稳态破坏、CD4+ T细胞促炎极化、CD8+ T细胞功能重编程及免疫—上皮通讯广泛重塑，涉及CD55-ADGRE5、MIF-CD74和GZMA-PARD3信号轴。

NCBI GEO 数据集 GSE349296：KLF16 与 SIN3A 通过 CTD-2377D24.6 促进子宫内膜癌细胞增殖

NCBI GEO 数据集 GSE349296 收录 KLF16/SIN3A/CTD-2377D24.6 调控轴促进子宫内膜癌细胞增殖的研究。KLF16 在子宫内膜癌组织中显著升高，敲低后在体外抑制增殖、在体内减缓肿瘤生长；CTD-2377D24.6 过表达可抵消这一抗增殖效应，实验显示 SIN3A 与 KLF16 相互作用。

Spatial-GT-seq 空间基因组与转录组联合定位揭示肿瘤组织克隆异质性（GSE276211）

研究团队提出 Spatial-GT-seq，可在同一肿瘤组织中以近单细胞分辨率联合检测基因组和转录组。在肺转移小鼠模型中，团队原位识别出肿瘤亚克隆，并发现同一克隆的基因表达会随肿瘤微环境改变。对原发和复发的人胰腺神经内分泌肿瘤分析还显示存在持续克隆与新出现克隆，且转录表达发生变化。

同一件事，精选收录的是《Spatial-GT-seq 联合定位肿瘤基因组与转录组揭示克隆异质性（GSE276212）》

Spatial-GT-seq 联合定位肿瘤基因组与转录组揭示克隆异质性（GSE276212）

GEO 数据集 GSE276212 收录的 Spatial-GT-seq 研究，在同一肿瘤组织中以近单细胞分辨率联合分析基因组与转录组。在肺转移小鼠模型中，研究识别出肿瘤亚克隆，并显示同一克隆的基因表达谱会受到肿瘤微环境改变。对原发与复发人胰腺神经内分泌肿瘤的分析则识别出持续存在和新出现的亚克隆，两处样本均出现转录变化。

Parse Biosciences 与 Nomic Bio 合作生成 Cascade 100 Million-Cell AI-Ready 多模态扰动数据集

Parse Biosciences 与 Nomic Bio 宣布合作生成 Cascade，一套面向人类免疫响应的 100 million-cell 基础多模态扰动数据集。

Whitehead Institute 发布 Danionella cerebrum 全身单细胞图谱

Whitehead Institute 构建并公开了 Danionella cerebrum 全身单细胞图谱，涵盖成年脊椎动物的细胞类型、基因活动及其空间位置。

ATLAS绘制跨遗传背景的小鼠脑空间单细胞转录图谱

研究团队利用ATLAS在400张小鼠脑切片中构建跨遗传背景的空间单细胞转录图谱，覆盖15只动物，包括B6雄性、B6雌性和BTBR雄性小鼠。ATLAS结合DPNMF编码与空间先验解码，模拟中18维TreeDPNMF和53-bit FISHnCHIPS投影加入空间先验后的亚类解码准确率均为87%。

AlphaFold 结合口袋的 apo-holo 状态分布及其对 docking 成功率的影响

研究者把 12,255 个蛋白的 237,922 个 AlphaFold 结合口袋放到由其实验结构界定的 apo-holo 轴上，多数呈 holo-like（62%，apo 与 holo 结构等量采样时为 56%）。

迈向完整的二倍体鸡基因组：三联体测序与单倍型解析

研究团队利用三联体测序，以雌鸡长读长序列并结合亲本长读长数据，构建出近乎完整、单倍型解析的父源和母源基因组组装。组装仅余14个缺口，但2条父源和4条母源染色体的端粒序列仍缺失；GGswu2还解析了超过50 Mb此前未解决区域，主要位于点染色体。

Dobner团队建立早期人类细胞命运标志面板并开发DeepDiff

Dobner、Prigione和Rossi团队建立了67个经验证的标志基因面板，并开发免费Web应用DeepDiff，用于自动注释bulk RNA-seq数据中的早期hPSC分化状态。

Google DeepMind发布ForTy 2020全球森林类型图与2017—2025时间序列

Google DeepMind与Google Research联合WRI和IIASA发布ForTy 2020，将全球每个10-by-10-meter地块划分为六类森林或土地利用类型。

Google Research 在 Research@ 2026 展示 10 项 AI 研究与工具进展

Google Research 在 Research@ 2026 展示 10 项进展，覆盖 Google Earth AI、Deep Review、MedGemma、AMIE 与灾害预测等方向。

Google Earth AI 更新 Geospatial Reasoning Agent，发布两项基准并扩大早期访问

Google Earth AI 更新 Geospatial Reasoning Agent，加入多步骤推理的前置规划与私有数据接入，并发布 GeoExpertQueries 和 GeoKTools 的开发集。

Arc Institute 等团队用 eclair-CLIP 构建 67 种 RNA 结合蛋白图谱

Arc Institute、Biohub、UCSF 和 Vector Institute 团队开发 eclair-CLIP，并为人类细胞中的 67 种癌症相关 RNA 结合蛋白建立图谱，在单核苷酸分辨率下映射超过 9 million 个 RNA 结合位点。

Isomorphic Labs 加入 Virtual Biology Initiative 共建 AI 生物基础数据

Isomorphic Labs 以创始成员身份加入 Virtual Biology Initiative，参与建设用于预测生物学、支持疾病研究与治疗的 AI-ready 生物数据开放资源。该倡议由 Biohub 召集，参与组织将投入资金、数据、算力和新的测量技术。

Broad Institute 构建免疫细胞图谱，揭示遗传变异致病机制

Broad Institute 构建了包含来自超过 1,100 名芬兰献血者的 10 million 个以上免疫细胞图谱，用于关联疾病相关调控变异与其控制基因。方法以染色质可及性及其与邻近基因表达的关联为基础，识别更可能致病的遗传变异，并观察细胞如何缓冲关键基因表达。