AI x Bio 日报 · 2026 年 11 月 5 日 · 星期四
BIOHOT
brisc:用于单细胞分析的多线程 CPU 工具包
研究团队提出 brisc,一款覆盖降维、整合、标签迁移、聚类、嵌入、差异表达与绘图的单细胞分析多线程 CPU 工具包。其分块倒排索引近邻算法比 Scanpy 和 Seurat 减少 81-98% 的错误,并保证不同线程数下结果一致。
论文研究
单细胞基础模型在细胞标注、扰动与调控推断中对简单基线的基准评测
Cupaioli 与 Merelli 开展基准评测,比较五款单细胞基础模型与任务匹配的简单基线,检验细胞标注、计算机模拟扰动和基因调控网络推断效果。
GBM-Space图谱揭示胶质母细胞瘤跨患者空间演化轨迹
Wellcome Sanger Institute、EMBL、DKFZ等团队在12例胶质母细胞瘤患者中映射超过 1 million cells,发现癌细胞跨患者遵循相似的空间演化轨迹。
MET 抑制利用恶性横纹肌样瘤的保守调控依赖
Sentis 等整合解剖与分子异质 MRT 的单细胞多组学和空间转录组,建立单细胞分辨率的多模态 MRT 数据集,并识别跨患者与分子亚型保守的转录元程序。研究定位 TCF12、ZNF148 和 CHD2 组成的共享横纹肌样瘤调控回路,并通过患者来源模型药物筛选验证 HGF/MET 信号是肾外横纹肌样瘤的选择性脆弱性。
GeneFamHunter不依赖注释从基因组组装中恢复发散及串联排列的基因家族成员
研究团队开发了GeneFamHunter,可直接从核酸组装中恢复发散及串联排列的基因家族成员,不依赖自动基因注释。在6个Quest for Orthologs基因组中,窗口式HMMER搜索找回全部130个参考C1A位点并产生21个非目标命中;在6个螨类基因组中,找回全部209个已知C1位点并识别37个额外候选位点。
GAIA 全球免疫等位基因图谱揭示不同群体的健康相关变异
研究团队构建 GAIA 全球免疫等位基因图谱,利用20,248人的全基因组数据刻画 HLA、IGHC 和 FCGR 位点的跨群体等位基因差异。
Google Research 的 Agile Deliberation 如何用 AI 帮人类界定模糊边界
Agile Deliberation 让 AI 通过呈现边界图像,帮助用户逐步界定主观视觉分类器中模糊的类别边界。框架分为概念界定与概念迭代两阶段,前者拆分子概念和明确排除项,后者用 VLM 挖掘语义边界样本,并将反馈送入自动提示词优化循环。
快讯
- REGA-perturb 解析遗传扰动通过基因调控路径的作用机制bioRxiv · Bioinformatics
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