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bioRxiv · Bioinformatics· Prabakar, R. K., Meyer, H. V. ·· 1 天前精选AI 评分72

gcat 与 its_a_scam:用于单细胞数据处理和逐细胞质控的模块化工具

gcat, its_a_scam: modular tools for single cell data processing and per-cellquality control

AI 导读

Prabakar 与 Meyer 开发了 gcat 和 its_a_scam,用于模块化处理单细胞基因组数据并执行逐细胞质控。its_a_scam 基于 gcat,可配合开源工具生成 scRNA-seq 和 scATAC-seq 计数矩阵,并直接从比对文件计算逐细胞质控指标;在外周血单个核细胞 Multiome 数据集中,其计数矩阵与专有流程生成的结果高度一致。

推荐理由

提供模块化单细胞处理与逐细胞质控方案,并用 Multiome 数据比较其与专有流程生成结果的一致性。

来源:bioRxiv · Bioinformatics · biorxiv.org