bioRxiv · Genomics· Klimov, P. B., He, Q. ·· 1 天前精选AI 评分74
GeneFamHunter不依赖注释从基因组组装中恢复发散及串联排列的基因家族成员
GeneFamHunter: annotation-independent recovery of divergent and tandemly arrayed gene-family members from genome assemblies
AI 导读
研究团队开发了GeneFamHunter，可直接从核酸组装中恢复发散及串联排列的基因家族成员，不依赖自动基因注释。在6个Quest for Orthologs基因组中，窗口式HMMER搜索找回全部130个参考C1A位点并产生21个非目标命中；在6个螨类基因组中，找回全部209个已知C1位点并识别37个额外候选位点。
推荐理由
GeneFamHunter提供从核酸组装直接恢复基因家族的开放流程，在非模式生物中的多基因组对比可用于评估串联旁系同源基因的召回与误检。
来源：bioRxiv · Genomics · biorxiv.org