AI x Bio 日报 · 2026 年 11 月 3 日 · 星期二
BIOHOT
Whitehead Institute 构建 Danionella cerebrum 全身单细胞图谱
Whitehead Institute 在 Science 发表 Danionella cerebrum 全身单细胞图谱，解析超过 600,000 cells 的基因活动。
RNA-Seq Blog原文 产品发布/更新
Genetic Engineering & Biotechnology News10x Genomics 推出基于 Claude 的 Chromium 单细胞分析工具 Sentira Single Cell
10x Genomics 推出面向 Chromium 用户的 Sentira Single Cell，以 Anthropic Claude 模型驱动云端智能体单细胞分析。
论文研究
机器学习指导设计强效转录激活结构域
研究团队用机器学习筛选并设计转录激活结构域，在可测量的16,770条序列中，>90%在酵母中具有激活结构域功能。团队从500,000条候选序列中选出18,750条进行实验验证，并开发共识预测器 MADRIGAL。部分设计还能在真菌、植物和人细胞中保持功能。
GENESIS：接近实验可重复性的单细胞扰动预测
GENESIS提出生成式单细胞干预模拟框架，直接根据实验条件的协变量预测响应分布，并在独立重复条件下接近实验可重复性。该框架使用以 energy score 训练的轻量级神经网络，在 Tahoe-100M 小分子图谱和 PBMC 细胞因子图谱上优于现有生成模型与统计基线。即使仅使用部分实验条件或细胞仍能保持准确性，且在同等训练细胞预算下，覆盖更多实验条件比集中深测较少条件效果更好。
人类基底节八区域染色质与转录组单细胞多组学图谱 GSE337607
NCBI GEO 收录数据集 GSE337607，构建覆盖八个基底节区域的单细胞多组学图谱，包含组蛋白修饰与转录组数据，来自神经典型成人供体。图谱解析了细胞类型与区域特异的活性及抑制性候选顺式调控元件，刻画决定细胞身份的基因调控网络，并指出同源框转录因子的组合表达可作为神经元身份的分子特征。
单细胞 TWAS 揭示结直肠癌上皮细胞特异性遗传易感性
单细胞 TWAS 分析揭示，结直肠癌遗传易感性具有上皮细胞类型特异性。
RNA-Seq BlogSpecies-OT 利用 RNA sequencing 揭示跨物种功能相似基因
京都大学高等生命医学研究所开发 Species-OT，利用 RNA sequencing 在不同物种间识别可能具有相似功能的基因。该框架以 Gromov-Wasserstein optimal transport 比较 RNA sequencing 数据中的基因关系，并分析小鼠、猴和人类多能干细胞命运分化数据及六种哺乳动物的单细胞数据。
Findings Workflow：基于 Claude Code 的科学数据分析智能体协作与溯源框架
Riffle、Zelter 与 MacCoss 提出 Findings Workflow，这是一个免费、开源的 Claude Code 插件，通过分阶段门控、专业化子智能体和贯穿流程的独立审查支持科学数据分析。
GSE342824：Xenium空间转录组数据刻画EGFR突变肺腺癌的osimertinib耐药模式
GSE342824收录五例EGFR突变肺腺癌患者治疗前与进展期FFPE肿瘤切片的Xenium空间转录组数据。10张切片构成5组配对，采用包含289个预设靶标和100基因自定义补充的389-plex panel，共分段1,516,917个细胞。