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2026 年 11 月 2 日 · 星期一每天 08:00 出刊

AI×生命科学日报 · 2026 年 11 月 2 日 · 星期一

BIOHOT

第 1 期022026 年 11 月星期一
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头条

Spatial-GT-seq 联合定位肿瘤基因组与转录组揭示克隆异质性(GSE276212)

GEO 数据集 GSE276212 收录的 Spatial-GT-seq 研究,在同一肿瘤组织中以近单细胞分辨率联合分析基因组与转录组。在肺转移小鼠模型中,研究识别出肿瘤亚克隆,并显示同一克隆的基因表达谱会受到肿瘤微环境改变。对原发与复发人胰腺神经内分泌肿瘤的分析则识别出持续存在和新出现的亚克隆,两处样本均出现转录变化。

NCBI GEO · 每日新增数据集一手原文
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论文研究

bioRxiv · Bioinformatics

GRAFT框架通过跨模态迁移实现跨细胞类型药物响应零样本预测

GRAFT通过将遗传扰动响应跨模态迁移至化学扰动,在缺少目标情境药物测量时推断药物诱导的转录响应。在LINCS和外部上下文的基准评测中,GRAFT相较竞争方法改善了响应相关性、方向一致性和幅度重建,对情境依赖型药物尤其明显。GRAFT-Adapt利用少量目标情境药物测量细化未测响应;GRAFT-Atlas覆盖13个细胞情境、7,856个药物目录条目并生成102,128个药物-情境预测。

bioRxiv · Bioinformatics

Pycea:用于单细胞谱系追踪分析的 scverse 工具包

研究团队发布 Pycea 及其 AnnData 扩展 TreeData,用于将细胞谱系树整合进单细胞分析工作流。TreeData 可与 Scanpy 及其他 scverse 工具兼容,无需在格式间转换;Pycea 提供可扩展的树可视化、支系识别、距离比较、祖先状态推断和谱系统计方法。软件已开源,代码见 https://github.com/YosefLab/pycea。

02

快讯

(本期完)

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