bioRxiv · Bioinformatics· Zhang, J., Cheng, X., Wang, J., Chen, W., Chen, H. ·· 1 天前精选AI 评分73
Tracel 通过转录本重分配实现空间转录组统一细胞分割
Unified cell segmentation for spatial transcriptomics via transcript reassignment
AI 导读
Zhang等提出Tracel，一种两阶段最优传输框架，在匹配的单细胞RNA测序参考指导下，将空间观测分配到细胞。该方法适用于Xenium、CosMx等成像平台和Visium HD等测序平台；在覆盖3个平台、3种组织及5个人类数据集的评估中，Tracel改善了细胞类型区分、标记基因归属和细胞内转录本保留，并减少邻近细胞污染，还可提升空间差异表达和配体-受体分析中的细胞类型归因。
推荐理由
Tracel以匹配的单细胞RNA测序参考指导空间转录本分配，并展示其在两类平台上的细胞归属与表达分析表现。
来源：bioRxiv · Bioinformatics · biorxiv.org