Tracel统一空间转录组细胞分割
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Tracel统一空间转录组细胞分割
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AI 综述
Zhang等提出Tracel,一种在匹配的单细胞RNA测序参考指导下重分配转录本、并将空间观测划归细胞的两阶段最优传输框架。其在3个平台、3种组织及5个人类数据集上的评估显示,该方法改善了细胞类型区分、标记基因归属和细胞内转录本保留,并减少邻近细胞污染。 Tracel适用于Xenium、CosMx等成像平台和Visium HD等测序平台;评估还显示,该方法可改善空间差异表达和配体-受体分析中的细胞类型归因。
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最新进展11月4日 00:00
Tracel 通过转录本重分配实现空间转录组统一细胞分割报道时间线
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11月4日
- bioRxiv · Bioinformatics精选Tracel 通过转录本重分配实现空间转录组统一细胞分割
Zhang等提出Tracel,一种两阶段最优传输框架,在匹配的单细胞RNA测序参考指导下,将空间观测分配到细胞。该方法适用于Xenium、CosMx等成像平台和Visium HD等测序平台;在覆盖3个平台、3种组织及5个人类数据集的评估中,Tracel改善了细胞类型区分、标记基因归属和细胞内转录本保留,并减少邻近细胞污染,还可提升空间差异表达和配体-受体分析中的细胞类型归因。
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