H5N1 mRNA–脂质纳米颗粒疫苗保护泌乳奶牛免受感染
一项针对H5N1分支2.3.4.4b的mRNA–脂质纳米颗粒疫苗研究显示,疫苗可在泌乳奶牛中诱导血清和乳汁抗体,并显著减少乳腺内感染后的病毒复制与临床乳腺炎。研究以500 μg剂量为4头奶牛初免,3周后加强免疫,并于首免后49天接受H5N1攻毒;另有4头奶牛接受生理盐水对照。
一项针对H5N1分支2.3.4.4b的mRNA–脂质纳米颗粒疫苗研究显示,疫苗可在泌乳奶牛中诱导血清和乳汁抗体,并显著减少乳腺内感染后的病毒复制与临床乳腺炎。研究以500 μg剂量为4头奶牛初免,3周后加强免疫,并于首免后49天接受H5N1攻毒;另有4头奶牛接受生理盐水对照。
Dobner、Prigione和Rossi团队建立了67个经验证的标志基因面板,并开发免费Web应用DeepDiff,用于自动注释bulk RNA-seq数据中的早期hPSC分化状态。
推荐理由:这项研究以67个经验证标志基因和DeepDiff整合转录与蛋白层信息,为hPSC分化状态判读提供可复用参考。
Google Research 等机构在 JAMA Network Open 发表前瞻性多中心研究,评估 AI 系统利用盲扫超声估计孕周的准确性与跨场景泛化。
推荐理由:研究同时报告跨设备与人群的泛化误差,并保留独立外部验证,便于比较真实门诊部署中的性能边界。
研究团队构建了锚定在线粒体的 recordanelle,在人类细胞中连续采集并保护内源 RNA,从而在单细胞层面重建瞬时转录事件。优化版 recordanelle V2 由 TOM20 1–70、TAF15N 和 PABPC4∆C 161A 构成,TAF15N 组合可使细胞中 90% 的已表达基因对应转录本在其中富集,并在刺激结束后保留 2 天的 IFNB 响应。
推荐理由:该系统将连续时间信息保存在活细胞内的 RNA 存储区,为单细胞动态转录研究提供了可提取、可测序的记录方式。
这篇综述系统比较了长读长测序在不同平台和应用场景下的小变异检测方法。内容涵盖深度学习、基于组装和基于泛基因组的方法,并讨论 benchmark 策略与未来挑战。DOI:10.1038/s41576-026-01020-7,原文链接:https://www.nature.com/articles/s41576-026-01020-7
Gray 等开发了将蛋白降解事件转换为转录输出信号的抗 CRISPR–CRISPR 电路,通过 AcrIIA4 抑制 dCas9-VPR 来响应目标蛋白水平下降。系统利用 AcrIIA4/dCas9-VPR 比例变化放大报告信号,并可用于 SMARCA、EGFR、KRAS 的降解检测及多重事件读取。研究人员还以该系统开展高通量筛选,鉴定出针对 CK1α 和 UBE2S 的新分子胶降解物。
Google Research 展示 VERID 数字孪生框架、适配体闭环发现和 de novo 蛋白设计三项研究,让 AI 智能体参与湿实验执行与迭代。VERID 以实时 3D 状态跟踪、数秒虚拟 dry run、硬件安全检查和同步视频与执行日志,在试剂接触前拦截碰撞、空孔及物理上不可执行的命令。
推荐理由:分别呈现数字孪生预检、闭环实验和 AI 智能体辅助蛋白设计,并给出命中率、特异性及计算效率数据,便于比较其技术路径。
Weilert等人利用序列到功能的深度学习模型,在小鼠胚胎干细胞中系统绘制低亲和力先导因子结合位点。研究揭示,这些位点通过软语法核小体协同作用促进染色质开放;这类位点功能重要,但过去难以定位且机制知之甚少。
Arc Institute、Biohub、UCSF 和 Vector Institute 团队开发 eclair-CLIP,并为人类细胞中的 67 种癌症相关 RNA 结合蛋白建立图谱,在单核苷酸分辨率下映射超过 9 million 个 RNA 结合位点。
推荐理由:文章说明统一小标签和红外检测如何减少 CLIP-seq 对特异性抗体与放射性标记的依赖,并展示图谱进入模型训练后的应用路径。
scMORE 是一个整合 GWAS 与单细胞多组学数据的框架,用于在特定细胞类型和状态中识别与性状相关的调控网络。Yunlong Ma 在 Nature Reviews Genetics 的 Tools of the Trade 文章中介绍了这一框架。
Broad Institute 构建了包含来自超过 1,100 名芬兰献血者的 10 million 个以上免疫细胞图谱,用于关联疾病相关调控变异与其控制基因。方法以染色质可及性及其与邻近基因表达的关联为基础,识别更可能致病的遗传变异,并观察细胞如何缓冲关键基因表达。
推荐理由:该图谱将疾病相关调控变异与其控制基因相连接,并呈现细胞缓冲关键基因表达的方式,为遗传变异致病机制研究提供细胞级线索。
Talus Bio 的 Ptarmigan-1 在预印本中报告了约 5,000 倍于 Boltz-2 的筛选速度。该模型不预测蛋白 3-D 结构,而用质谱靶点结合数据匹配化合物与蛋白靶标;在单一 Nvidia H100 GPU 上平均每个化合物约 10 毫秒,Boltz-2 为 54 秒。
Chai Discovery 的新研究显示,Chai-2 已能进行全长药物样 mAb 的 de novo 设计,并扩展到六个 GPCR 和 peptide-MHC 靶点。
推荐理由:提供 88 个 IgG 的可成药性数据与 Cryo-EM 结构验证,帮助读者判断 Chai-2 从亲和力设计走向药物样抗体的可用边界。
MIT、Whitehead Institute、Wyss Institute 和 Broad Institute 的研究人员利用生成式 AI 设计了 NG1、DN1 等新型抗生素候选物,分别针对耐药淋病奈瑟菌和 MRSA。
推荐理由:研究将片段约束生成与无约束生成用于两类耐药病原体,NG1、DN1 的合成和动物实验结果提供了具体评估依据。
Broad Institute与Boston University的NEIDL用光学池化筛选(OPS)筛查约40 million个经CRISPR扰动的人类细胞,找出妨碍Ebola复制的宿主基因。
推荐理由:研究将光学池化CRISPR筛选与AI成像分析结合,定位Ebola感染阶段的宿主依赖因子,为高致死病毒靶点发现提供可扩展路径。
Broad Institute 与 Tufts University 团队筛出候选佐剂 P2-56,并开发出增强 rifampin 效力的 P2-56-3。团队用 DropArray 微流控技术在 1 个月内测试 6 种细菌、22 种抗生素和 30,000 个化合物组成的约 1.3 million 种组合,成果发表于 PNAS。
Broad Institute、MIT和Harvard University开发PUPS,可预测任意蛋白质在任意人细胞系中的单细胞定位,包括此前未测试的蛋白和细胞。
推荐理由:PUPS将蛋白序列模型与图像补全模型结合,在未见蛋白和细胞系上实现单细胞定位,并提供实验验证与基线比较。
两项Broad Institute主导的房颤研究将已知常见风险位点数量翻倍至逾350个,并发现MYBPC3、LMNA、PKP2和KDM5B等此前未关联基因。团队汇总68项研究、逾180,000名患者数据,并通过基因编辑验证KDM5B参与心房电活动。部分基因或成新药靶点,两篇论文发表于Nature Genetics。
Broad Institute等机构团队在Cell发表研究,揭示亨廷顿病中HTT基因CAG重复扩张至约150次后,会导致纹状体投射神经元基因表达紊乱并死亡。研究分析了53名患者和50名非患者捐献的脑组织、超过500,000个单细胞,发现部分神经元可扩增至800次CAG重复,并指出降低HTT蛋白表达的候选疗法可能只影响少量细胞,提出减缓CAG重复扩张这一补充策略。
推荐理由:研究把亨廷顿病的致病过程定位到单细胞层面的CAG重复扩张,并据此提出减缓CAG重复扩张的潜在治疗方向。