#单细胞/空间组学

单细胞图谱揭示结直肠息肉发生早期共同的微环境重塑（GSE327909）

研究对3名患者的正常黏膜与结直肠息肉配对组织进行单细胞RNA测序，获得31,147个高质量细胞，构建早期共同微环境重塑图谱。四项特征为上皮稳态破坏、CD4+ T细胞促炎极化、CD8+ T细胞功能重编程及免疫—上皮通讯广泛重塑，涉及CD55-ADGRE5、MIF-CD74和GZMA-PARD3信号轴。

NCBI GEO 数据集 GSE349296：KLF16 与 SIN3A 通过 CTD-2377D24.6 促进子宫内膜癌细胞增殖

NCBI GEO 数据集 GSE349296 收录 KLF16/SIN3A/CTD-2377D24.6 调控轴促进子宫内膜癌细胞增殖的研究。KLF16 在子宫内膜癌组织中显著升高，敲低后在体外抑制增殖、在体内减缓肿瘤生长；CTD-2377D24.6 过表达可抵消这一抗增殖效应，实验显示 SIN3A 与 KLF16 相互作用。

Spatial-GT-seq 空间基因组与转录组联合定位揭示肿瘤组织克隆异质性（GSE276211）

研究团队提出 Spatial-GT-seq，可在同一肿瘤组织中以近单细胞分辨率联合检测基因组和转录组。在肺转移小鼠模型中，团队原位识别出肿瘤亚克隆，并发现同一克隆的基因表达会随肿瘤微环境改变。对原发和复发的人胰腺神经内分泌肿瘤分析还显示存在持续克隆与新出现克隆，且转录表达发生变化。

同一件事，精选收录的是《Spatial-GT-seq 联合定位肿瘤基因组与转录组揭示克隆异质性（GSE276212）》

Spatial-GT-seq 联合定位肿瘤基因组与转录组揭示克隆异质性（GSE276212）

GEO 数据集 GSE276212 收录的 Spatial-GT-seq 研究，在同一肿瘤组织中以近单细胞分辨率联合分析基因组与转录组。在肺转移小鼠模型中，研究识别出肿瘤亚克隆，并显示同一克隆的基因表达谱会受到肿瘤微环境改变。对原发与复发人胰腺神经内分泌肿瘤的分析则识别出持续存在和新出现的亚克隆，两处样本均出现转录变化。

GOLDEN 空间转录组遗传异质性解卷积方法及 GSE341398 数据集

研究团队开发 GOLDEN，一种等位基因感知的多任务网络，将 spot 级表达编码为共享潜在表示，并用双任务头识别 target、non-target 或 mixed 斑点及估计 target 比例。

Arc Institute 发布 Bolero 细胞状态条件序列模型

Arc Institute 发布 Bolero，以细胞状态嵌入动态调节序列到功能的 Transformer 模型，并将论文发布至 bioRxiv。模型使用原始 DNA 序列和源自 10.8-million-cell atlas 的 cell-state embedding，直接预测细胞状态特异的转录本丰度与染色质可及性。

Arc Institute 发布利用人工整理生物知识的虚拟细胞模型 PIE

Arc Institute 发布虚拟细胞模型 PIE，利用人工整理的生物知识预测未见细胞情境、扰动及其组合中的群体响应。在各设置下，PIE 分类差异表达基因的 AUPRC 达到最强竞争方法的 1.2 to 3.2 times，未见扰动时增幅最大，但情境与扰动均未见时准确率会下降。完整代码、训练与评测流水线已上 GitHub，模型检查点和处理后的公开数据集已发布在 Hugging Face。

Broad Institute 构建免疫细胞图谱，揭示遗传变异致病机制

Broad Institute 构建了包含来自超过 1,100 名芬兰献血者的 10 million 个以上免疫细胞图谱，用于关联疾病相关调控变异与其控制基因。方法以染色质可及性及其与邻近基因表达的关联为基础，识别更可能致病的遗传变异，并观察细胞如何缓冲关键基因表达。

Broad Institute、MIT与Harvard University开发PUPS预测人细胞系中的蛋白质定位

Broad Institute、MIT和Harvard University开发PUPS，可预测任意蛋白质在任意人细胞系中的单细胞定位，包括此前未测试的蛋白和细胞。

Broad Institute团队揭示亨廷顿病由HTT基因CAG重复扩张驱动

Broad Institute等机构团队在Cell发表研究，揭示亨廷顿病中HTT基因CAG重复扩张至约150次后，会导致纹状体投射神经元基因表达紊乱并死亡。研究分析了53名患者和50名非患者捐献的脑组织、超过500,000个单细胞，发现部分神经元可扩增至800次CAG重复，并指出降低HTT蛋白表达的候选疗法可能只影响少量细胞，提出减缓CAG重复扩张这一补充策略。