单细胞基础模型可跨超过 10 亿年的进化距离迁移
单细胞基础模型在无需重训练的情况下，可跨越与人类相隔超过 10 亿年的进化距离迁移，并恢复发育顺序、保留物种特异性细胞身份。
推荐理由：以跨物种零样本嵌入对比 Geneformer、scGPT、UCE 与 PCA、scVI，提供了评估基础模型进化迁移范围和基因表征完整度的基准。
#生物基础模型
bioRxiv · Bioinformatics精选AI 评分7575 bioRxiv · BioinformaticsAI 评分6868 PSICHIC+：基于序列数据进行命中化合物鉴定与先导优化的生物活性基础模型
Koh 等开发了 PSICHIC+ 生物活性基础模型，在约82 million protein-ligand records上训练，并以分布目标保留定量分辨率、纳入数据可靠性差异。
bioRxiv · BioinformaticsAI 评分6262 EMBER：上下文化基因表征预测单个及组合细胞扰动效应
Ho、Xing与Ma提出基因中心基础模型EMBER，其上下文化基因表征相较评测基线改善了跨情境扰动响应预测和遗传互作排序。该模型在按细胞类型和实验批次平衡采样的多样化单细胞语料上，结合交互引导的对比学习和掩蔽表达重建进行预训练。冻结的预训练编码器可配合轻量探针，支持单基因扰动响应、双基因互作和多靶点药物响应预测，并将SCFD1列为mTOR抑制期间的候选依赖因子。
Nature Methods精选AI 评分7878 研究团队基于 JUMP–CP 比较四种自监督模型的细胞形态表征能力
研究团队在 JUMP–CP 上预训练并对比 DINO、MAE、iTPN 与 DINOv2，覆盖 119,876 compounds、~1.77 million images 和 87 个实验批次。
推荐理由：系统比较了对比式、掩码生成式与混合式自监督方法在细胞形态分析中的表现，为模型选型和批次校正提供可迁移依据。