靶向侧链蒙特卡洛采样提升基于未结合态结构的分子对接姿态恢复率

在 OpenBind 2A 蛋白酶基准的 859 个实验复合物中，靶向侧链 MCMC 采样将 2 Å 内姿态恢复率从 apo 的 51.0% 提升至 74.4%。配体重原子中位最小 RMSD 从 apo 的 1.96 Å 降至 1.62 Å，也优于受限 MD 的 1.82 Å。结果支持用该方法生成基于 apo 且保留口袋几何的对接集合，但对前瞻性姿态排序和虚拟筛选的扩展仍待验证。