靶向侧链MCMC提升apo对接姿态恢复
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靶向侧链MCMC提升apo对接姿态恢复
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AI 综述
P. Subramani与M. Shekhar评估靶向侧链蒙特卡洛采样协议；在OpenBind 2A蛋白酶基准的859个实验复合物上，基于apo（未结合态）结构生成的对接姿态中，2 Å内姿态恢复率由51.0%升至74.4%，配体重原子中位最小RMSD由1.96 Å降至1.62 Å，也优于受限MD受体集合的1.82 Å。 该协议结合局部和较大范围的侧链扭转采样，并在谐波骨架约束下周期性进行分子动力学松弛。结果衡量的是生成姿态和受体集合中的最佳姿态覆盖率；能否用于前瞻性姿态排序或虚拟筛选，报道称仍待验证。
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最新进展11月1日 00:00
靶向侧链蒙特卡洛采样提升基于未结合态结构的分子对接姿态恢复率报道时间线
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11月1日
- bioRxiv · Bioinformatics靶向侧链蒙特卡洛采样提升基于未结合态结构的分子对接姿态恢复率
在 OpenBind 2A 蛋白酶基准的 859 个实验复合物中，靶向侧链 MCMC 采样将 2 Å 内姿态恢复率从 apo 的 51.0% 提升至 74.4%。配体重原子中位最小 RMSD 从 apo 的 1.96 Å 降至 1.62 Å，也优于受限 MD 的 1.82 Å。结果支持用该方法生成基于 apo 且保留口袋几何的对接集合，但对前瞻性姿态排序和虚拟筛选的扩展仍待验证。
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