bioRxiv · Bioinformatics· Cunha, A. F., Vidal, E., Barranco-Altirriba, M., Amigo, T., Assis, J. G., Nakaya, H. I., Santos, A. ·· 2 天前AI 评分62
研究利用图神经网络揭示炎症性肠病中的微生物关联模式
Interpreting graph neural networks reveals microbial association patterns in inflammatory bowel diseases
AI 导读
研究团队从HMP2/iHMP中106名个体的纵向宏基因组数据推断个体特异性微生物关联网络，并用图神经网络分析炎症性肠病（IBD）分类预测所依赖的关联结构。随机森林的预测性能更高，AUPRC ~0.59，而图神经网络为0.446。图神经网络解释显示，预测依赖由共同丰度的Bacteroidales物种组成的密集连接模块，该模块在独立队列中承载大部分预测信号，移除相关关联后性能降至接近随机水平。
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