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图神经网络解析IBD微生物关联模式

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AI 综述

Cunha等从HMP2/iHMP中106名个体的纵向宏基因组数据推断个体特异性微生物关联网络,并用图神经网络分析IBD分类预测所依赖的关联结构。结果显示,图神经网络预测性能(AUPRC 0.446)低于随机森林(约0.59),但其解释分析识别出由共同丰度的Bacteroidales物种组成的密集连接模块。 该模块在独立队列中承载大部分预测信号;移除相关关联后,图神经网络性能降至接近随机水平。Cunha等称,IBD肠道微生物组的预测信息不仅来自丰度变化,也来自协调的共丰度关联结构。

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报道时间线

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11月1日
  1. bioRxiv · Bioinformatics
    研究利用图神经网络揭示炎症性肠病中的微生物关联模式

    研究团队从HMP2/iHMP中106名个体的纵向宏基因组数据推断个体特异性微生物关联网络,并用图神经网络分析炎症性肠病(IBD)分类预测所依赖的关联结构。随机森林的预测性能更高,AUPRC ~0.59,而图神经网络为0.446。图神经网络解释显示,预测依赖由共同丰度的Bacteroidales物种组成的密集连接模块,该模块在独立队列中承载大部分预测信号,移除相关关联后性能降至接近随机水平。

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