图神经网络解析IBD微生物关联模式
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图神经网络解析IBD微生物关联模式
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AI 综述
Cunha等从HMP2/iHMP中106名个体的纵向宏基因组数据推断个体特异性微生物关联网络,并用图神经网络分析IBD分类预测所依赖的关联结构。结果显示,图神经网络预测性能(AUPRC 0.446)低于随机森林(约0.59),但其解释分析识别出由共同丰度的Bacteroidales物种组成的密集连接模块。 该模块在独立队列中承载大部分预测信号;移除相关关联后,图神经网络性能降至接近随机水平。Cunha等称,IBD肠道微生物组的预测信息不仅来自丰度变化,也来自协调的共丰度关联结构。
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最新进展11月1日 00:00
研究利用图神经网络揭示炎症性肠病中的微生物关联模式报道时间线
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11月1日
- bioRxiv · Bioinformatics研究利用图神经网络揭示炎症性肠病中的微生物关联模式
研究团队从HMP2/iHMP中106名个体的纵向宏基因组数据推断个体特异性微生物关联网络,并用图神经网络分析炎症性肠病(IBD)分类预测所依赖的关联结构。随机森林的预测性能更高,AUPRC ~0.59,而图神经网络为0.446。图神经网络解释显示,预测依赖由共同丰度的Bacteroidales物种组成的密集连接模块,该模块在独立队列中承载大部分预测信号,移除相关关联后性能降至接近随机水平。
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