跳到正文
10月21日周三
  1. Nature Biotechnology76

    DynaVelo从单细胞多组学快照预测B细胞动力学、功能缺失与救援扰动

    DynaVelo从单细胞多组学快照建模B细胞动力学,并预测Arid1a、Ctcf功能缺失及其救援扰动。该生成式神经ODE联合建模RNA表达与TF motif可及性,恢复生发中心轨迹和动态基因调控网络。模型提出Ctcf、Bcl6、Stat3为Arid1a功能缺失的救援靶点,小鼠实验显示相应杂合双突变可将暗区/亮区比恢复至WT水平。

    推荐理由:DynaVelo将单细胞快照转化为可扰动的动力学场,并以小鼠实验检验Ctcf、Bcl6和Stat3三个救援靶点。

10月20日周二
  1. Arc Institute · News64

    Arc Institute 发布 Bolero 细胞状态条件序列模型

    Arc Institute 发布 Bolero,以细胞状态嵌入动态调节序列到功能的 Transformer 模型,并将论文发布至 bioRxiv。模型使用原始 DNA 序列和源自 10.8-million-cell atlas 的 cell-state embedding,直接预测细胞状态特异的转录本丰度与染色质可及性。

    推荐理由:Bolero 展示了按细胞状态动态生成网络权重的方法,并给出跨物种预测、疾病变异评分和增强子设计案例。