单细胞基础模型可跨超过 10 亿年的进化距离迁移
单细胞基础模型在无需重训练的情况下，可跨越与人类相隔超过 10 亿年的进化距离迁移，并恢复发育顺序、保留物种特异性细胞身份。
推荐理由：以跨物种零样本嵌入对比 Geneformer、scGPT、UCE 与 PCA、scVI，提供了评估基础模型进化迁移范围和基因表征完整度的基准。
#单细胞/空间组学
bioRxiv · Bioinformatics精选AI 评分7575 NCBI GEO · 每日新增数据集精选AI 评分7474 Spatial-GT-seq 联合定位肿瘤基因组与转录组揭示克隆异质性（GSE276212）
GEO 数据集 GSE276212 收录的 Spatial-GT-seq 研究，在同一肿瘤组织中以近单细胞分辨率联合分析基因组与转录组。在肺转移小鼠模型中，研究识别出肿瘤亚克隆，并显示同一克隆的基因表达谱会受到肿瘤微环境改变。对原发与复发人胰腺神经内分泌肿瘤的分析则识别出持续存在和新出现的亚克隆，两处样本均出现转录变化。
推荐理由：Spatial-GT-seq 将基因组与转录组在近单细胞分辨率下联合定位，可用于研究肿瘤亚克隆、转录状态与微环境之间的关联。
Nature Biotechnology精选AI 评分7676 DynaVelo从单细胞多组学快照预测B细胞动力学、功能缺失与救援扰动
DynaVelo从单细胞多组学快照建模B细胞动力学，并预测Arid1a、Ctcf功能缺失及其救援扰动。该生成式神经ODE联合建模RNA表达与TF motif可及性，恢复生发中心轨迹和动态基因调控网络。模型提出Ctcf、Bcl6、Stat3为Arid1a功能缺失的救援靶点，小鼠实验显示相应杂合双突变可将暗区/亮区比恢复至WT水平。
推荐理由：DynaVelo将单细胞快照转化为可扰动的动力学场，并以小鼠实验检验Ctcf、Bcl6和Stat3三个救援靶点。
Nature Biotechnology精选AI 评分8484 Recordanelle 实现人类细胞全转录组单细胞 RNA 记录
研究团队构建了锚定在线粒体的 recordanelle，在人类细胞中连续采集并保护内源 RNA，从而在单细胞层面重建瞬时转录事件。优化版 recordanelle V2 由 TOM20 1–70、TAF15N 和 PABPC4∆C 161A 构成，TAF15N 组合可使细胞中 90% 的已表达基因对应转录本在其中富集，并在刺激结束后保留 2 天的 IFNB 响应。
推荐理由：该系统将连续时间信息保存在活细胞内的 RNA 存储区，为单细胞动态转录研究提供了可提取、可测序的记录方式。
Arc Institute · News精选AI 评分6464 Arc Institute 发布 Bolero 细胞状态条件序列模型
Arc Institute 发布 Bolero，以细胞状态嵌入动态调节序列到功能的 Transformer 模型，并将论文发布至 bioRxiv。模型使用原始 DNA 序列和源自 10.8-million-cell atlas 的 cell-state embedding，直接预测细胞状态特异的转录本丰度与染色质可及性。
推荐理由：Bolero 展示了按细胞状态动态生成网络权重的方法，并给出跨物种预测、疾病变异评分和增强子设计案例。
Arc Institute · News精选AI 评分8282 Arc Institute 发布利用人工整理生物知识的虚拟细胞模型 PIE
Arc Institute 发布虚拟细胞模型 PIE，利用人工整理的生物知识预测未见细胞情境、扰动及其组合中的群体响应。在各设置下，PIE 分类差异表达基因的 AUPRC 达到最强竞争方法的 1.2 to 3.2 times，未见扰动时增幅最大，但情境与扰动均未见时准确率会下降。完整代码、训练与评测流水线已上 GitHub，模型检查点和处理后的公开数据集已发布在 Hugging Face。
推荐理由：PIE将人工整理的生物知识作为输入，并给出跨未见扰动、细胞情境和数据集的对比结果，便于理解其泛化范围与限制。
Broad Institute · News精选AI 评分6969 Broad Institute 构建免疫细胞图谱，揭示遗传变异致病机制
Broad Institute 构建了包含来自超过 1,100 名芬兰献血者的 10 million 个以上免疫细胞图谱，用于关联疾病相关调控变异与其控制基因。方法以染色质可及性及其与邻近基因表达的关联为基础，识别更可能致病的遗传变异，并观察细胞如何缓冲关键基因表达。
推荐理由：该图谱将疾病相关调控变异与其控制基因相连接，并呈现细胞缓冲关键基因表达的方式，为遗传变异致病机制研究提供细胞级线索。
Broad Institute · News精选AI 评分7373 Broad Institute、MIT与Harvard University开发PUPS预测人细胞系中的蛋白质定位
Broad Institute、MIT和Harvard University开发PUPS，可预测任意蛋白质在任意人细胞系中的单细胞定位，包括此前未测试的蛋白和细胞。
推荐理由：PUPS将蛋白序列模型与图像补全模型结合，在未见蛋白和细胞系上实现单细胞定位，并提供实验验证与基线比较。
Broad Institute · News精选AI 评分6060 Broad Institute团队揭示亨廷顿病由HTT基因CAG重复扩张驱动
Broad Institute等机构团队在Cell发表研究，揭示亨廷顿病中HTT基因CAG重复扩张至约150次后，会导致纹状体投射神经元基因表达紊乱并死亡。研究分析了53名患者和50名非患者捐献的脑组织、超过500,000个单细胞，发现部分神经元可扩增至800次CAG重复，并指出降低HTT蛋白表达的候选疗法可能只影响少量细胞，提出减缓CAG重复扩张这一补充策略。
推荐理由：研究把亨廷顿病的致病过程定位到单细胞层面的CAG重复扩张，并据此提出减缓CAG重复扩张的潜在治疗方向。
已经到底了