RFA与eQTL反相关且不能预测ΔRNA
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RFA与eQTL反相关且不能预测ΔRNA
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AI 综述
Andrey、T. Bratishchikov与A. Anufriev报告，基于Hi-C接触计算的相对森林可及性（RFA）作为三维感知基因调控网络过滤器时，与eQTL呈弱反相关（ρ=-0.09，RFA的AUC为0.386），且不能预测MCF10A与MCF7之间的ΔRNA（ρ=0.005，置换检验p=0.87，95%置信区间为-0.040至0.053）。 重排实验将反相关归因于局部距离衰减，而非loops或TADs。RFA在GM12878启动子TF计数任务中的表现也低于1D距离（AUC 0.836对0.976），作者称这是目标与1D距离使用同一窗口造成的假象。
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最新进展11月3日 00:00
连续拓扑可及性（RFA）作为 3D 感知 GRN 过滤器：与 eQTL 反相关且不预测 ΔRNA报道时间线
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11月3日
- bioRxiv · Bioinformatics连续拓扑可及性（RFA）作为 3D 感知 GRN 过滤器：与 eQTL 反相关且不预测 ΔRNA
RFA 基于 Hi-C 接触计算拓扑可及性；作为 3D 感知 GRN 过滤器时，其与 eQTL 反相关（ρ=-0.09），且不预测 MCF10A 与 MCF7 间的 ΔRNA（p=0.87）。重排实验表明，该反相关源于局部距离衰减，而非 loops 或 TADs。
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