PPI-Caliper校准蛋白质互作错误率
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PPI-Caliper校准蛋白质互作错误率
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AI 综述
Yang等研究团队提出并评估了模型无关的PPI-Caliper框架,用留出标签进行共形校准,无需重训预测器,即可按用户设定的错误发现率(FDR)筛选蛋白质相互作用;在同分布校准下,五个物种、两种基于蛋白质语言模型的预测器及每种预测器的两种人类训练数据版本中,实证FDR均未超过目标水平。 作者指出,分布偏移时,迁移阈值在预测性能改善时往往更保守;若预测性能恶化,则可能无法控制FDR,因此仍需同时评估校准效果与预测准确度。
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最新进展11月4日 00:00
PPI-Caliper通过共形校准实现误差可控的蛋白相互作用发现报道时间线
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11月4日
- bioRxiv · BioinformaticsPPI-Caliper通过共形校准实现误差可控的蛋白相互作用发现
研究团队提出模型无关框架PPI-Caliper,无需重训预测器即可利用留出标签,按用户指定的FDR筛选蛋白相互作用。在五个物种、两种基于蛋白质语言模型(PLM)的预测器及各自两种人类训练数据版本上,同分布校准后的实证FDR均不高于目标水平。分布偏移时,迁移阈值在预测性能改善时往往趋于保守,但性能恶化时可能无法控制FDR;论文强调应同时评估校准与预测准确度。
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