PPI-Caliper通过共形校准实现误差可控的蛋白相互作用发现

研究团队提出模型无关框架PPI-Caliper，无需重训预测器即可利用留出标签，按用户指定的FDR筛选蛋白相互作用。在五个物种、两种基于蛋白质语言模型（PLM）的预测器及各自两种人类训练数据版本上，同分布校准后的实证FDR均不高于目标水平。分布偏移时，迁移阈值在预测性能改善时往往趋于保守，但性能恶化时可能无法控制FDR；论文强调应同时评估校准与预测准确度。