Pycea开源整合单细胞谱系分析
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Pycea开源整合单细胞谱系分析
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AI 综述
Colgan等发布并开源Pycea工具包及AnnData扩展TreeData，将细胞谱系树与单细胞测量数据共同存储，使谱系分析可直接接入现有scverse工作流。 TreeData兼容Scanpy及其他scverse工具，无需转换数据格式；Pycea支持可扩展的谱系树可视化、支系识别、距离比较、祖先状态推断和谱系统计。代码已公开于GitHub。
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最新进展11月1日 00:00
Pycea：用于单细胞谱系追踪分析的 scverse 工具包报道时间线
沿着报道，了解事件的不同侧面。
11月1日
- bioRxiv · Bioinformatics精选Pycea：用于单细胞谱系追踪分析的 scverse 工具包
研究团队发布 Pycea 及其 AnnData 扩展 TreeData，用于将细胞谱系树整合进单细胞分析工作流。TreeData 可与 Scanpy 及其他 scverse 工具兼容，无需在格式间转换；Pycea 提供可扩展的树可视化、支系识别、距离比较、祖先状态推断和谱系统计方法。软件已开源，代码见 https://github.com/YosefLab/pycea。
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