vafSOMA检测植物固定体细胞突变
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vafSOMA检测植物固定体细胞突变
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AI 综述
Zhou M与Johannes F在bioRxiv预印本中提出vafSOMA统计模型,利用组织组成检测植物细胞层固定的体细胞突变、定位突变层并估算突变率;模拟显示其检出表现接近事后选定的最佳变异等位基因频率阈值。 模型兼容混样和细胞层富集样本,包括富集后仍含其他层DNA的样本,且无需用户设定阈值。重复器官分析提高了枝分生组织突变的检出率;杏树数据还显示,混样测序可能使突变率低估约2—3倍。代码已公开在GitHub。
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最新进展11月4日 00:00
预印本提出vafSOMA统计模型检测植物细胞层固定体细胞突变报道时间线
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11月4日
- bioRxiv · Bioinformatics预印本提出vafSOMA统计模型检测植物细胞层固定体细胞突变
预印本提出vafSOMA统计模型,利用组织组成检测植物细胞层固定的体细胞突变并估算突变率。该模型兼容混样与细胞层富集样本,无需用户设定阈值,模拟表现接近事后选择的最佳变异等位基因频率阈值。重复器官分析提高了枝分生组织突变的检出率,杏数据显示混样测序可能低估约2–3倍;代码见 https://github.com/jlab-code/vafSOMA。
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