测序协议改变实测异构体丰度与结构
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测序协议改变实测异构体丰度与结构
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AI 综述
Aharon与Oshlack比较SG-NEx七个细胞系的direct RNA、direct cDNA和PCR扩增cDNA纳米孔测序结果，发现不同协议间有数百个差异表达基因和异构体，数百个基因的转录本使用也发生变化，表明实测丰度与结构显著受测序协议影响。 主导性切换多涉及复杂结构；逆转录、扩增样本中测到的exitrons更多，而m6A较高时PCR计数更少。
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最新进展11月4日 00:00
长读长测序揭示 RNA 加工导致的实测异构体结构与丰度变化报道时间线
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11月4日
- bioRxiv · Bioinformatics长读长测序揭示 RNA 加工导致的实测异构体结构与丰度变化
SG-NEx 七个细胞系的测序显示，RNA 制备协议可显著改变实测异构体丰度与结构。direct RNA、direct cDNA 与 PCR 扩增 cDNA 存在数百个差异表达基因和异构体，数百个基因转录本使用也变化。主导性切换多涉及复杂结构；RT 和扩增后 exitrons 更多，m6A 高时 PCR counts 更少。
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