REGA-perturb解析遗传扰动调控路径
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REGA-perturb解析遗传扰动调控路径
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AI 综述
Ren与Duren在bioRxiv发表预印本，提出REGA-perturb，用参考表观基因组界定转录因子—调控元件—基因的可能路径，再结合共享潜在程序和RNA测量，推断各路径如何响应遗传扰动。 该方法基于3个CRISPR干扰筛选、共240万个细胞的数据，推断的转录因子—靶基因关系与ChIP-seq结合结果一致，相对随机基线的增益超过现有最佳方法的4倍；它还能区分候选直接与间接靶点，并预测训练中未纳入的转录因子靶点。
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最新进展11月3日 00:00
REGA-perturb 解析遗传扰动通过基因调控路径的作用机制报道时间线
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11月3日
- bioRxiv · Bioinformatics精选REGA-perturb 解析遗传扰动通过基因调控路径的作用机制
REGA-perturb 以参考表观基因组界定可能的 TF-调控元件-基因路径，并用共享潜在程序推断各路径如何响应遗传扰动。该方法基于 3 个 CRISPR 干扰筛选、共 2.4 million cells 的数据，区分了 TF 的直接与间接靶点，其相对随机基线的增益超过现有最佳方法的 4 倍。
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