Sourmash评估长读长宏基因组菌株谱
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Sourmash评估长读长宏基因组菌株谱
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AI 综述
Angevin等在bioRxiv发布评估结果，称Sourmash能够从长读长宏基因组中准确定析菌株，并在5个已知组成的模拟微生物群落中恢复功能基因内容。 当测序覆盖度充分时，Sourmash可精确识别菌株；面对共享高度保守基因内容的近缘菌株，则可用其代表预期的功能潜能。5个模拟群落中，功能基因内容恢复F1为0.942–0.998，菌株水平丰度估计的Pearson相关系数为0.823–1。
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最新进展11月4日 00:00
Sourmash 从长读长宏基因组准确定析菌株并保留基因内容报道时间线
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11月4日
- bioRxiv · BioinformaticsSourmash 从长读长宏基因组准确定析菌株并保留基因内容
Sourmash 准确定析长读长宏基因组菌株，并在 5 个 mock community 中保留功能基因内容。覆盖度充分时，它能精确识别菌株，或以共享高度保守基因内容的近缘菌株代表预期功能潜能；基因内容恢复 F1 为 0.942–0.998，丰度估计的菌株水平 Pearson 相关系数为 0.823–1。
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