营养缺乏下染色质与RNA丰度变化脱耦
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营养缺乏下染色质与RNA丰度变化脱耦
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AI 综述
Qi等整合ATAC-seq与RNA-seq，发现人U2OS骨肉瘤细胞严重营养缺乏18小时后，全基因组染色质可及性下降，但RNA丰度仅发生选择性变化，两类变化并未同步。 差异表达基因中约64%的RNA相对丰度升高；启动子和增强子处的可及性与转录本丰度相关系数仅为0.25和0.10，两项指标共同解释约6%的转录本丰度变化方差。
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最新进展11月3日 00:00
营养缺乏的 U2OS 细胞中全基因组染色质可及性丧失与 RNA 丰度选择性升高并存报道时间线
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11月3日
- bioRxiv · Bioinformatics营养缺乏的 U2OS 细胞中全基因组染色质可及性丧失与 RNA 丰度选择性升高并存
一项 U2OS 骨肉瘤细胞研究整合 ATAC-seq 与 RNA-seq，发现营养缺乏 18 h 后，全基因组染色质可及性下降，RNA 丰度却仅选择性变化。约 64% 的差异表达基因 RNA 丰度升高，启动子与增强子处，可及性与转录本丰度的相关系数分别为 0.25 和 0.10。两者共同仅解释 ~6% 的转录本丰度变化方差。
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