Carafe 深度学习增强片段离子索引，改进 Comet 实时质谱检索

研究团队在 Comet 中开发了结合 Carafe 的索引裁剪流程，仅写入预测可观测的片段离子位置，减少索引条目与峰值搜索内存占用。在两个检索空间和三种索引配置上，遮蔽后的搜索更快，肽段—谱图匹配数量与未遮蔽搜索相当；预测与遮蔽均在搜索前完成，不增加逐谱图开销。完整实现以 Apache 许可开源。