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  1. Nature Biotechnology76

    DynaVelo从单细胞多组学快照预测B细胞动力学、功能缺失与救援扰动

    DynaVelo从单细胞多组学快照建模B细胞动力学,并预测Arid1a、Ctcf功能缺失及其救援扰动。该生成式神经ODE联合建模RNA表达与TF motif可及性,恢复生发中心轨迹和动态基因调控网络。模型提出Ctcf、Bcl6、Stat3为Arid1a功能缺失的救援靶点,小鼠实验显示相应杂合双突变可将暗区/亮区比恢复至WT水平。

    推荐理由:DynaVelo将单细胞快照转化为可扰动的动力学场,并以小鼠实验检验Ctcf、Bcl6和Stat3三个救援靶点。

  1. Arc Institute · News82

    Arc Institute 发布利用人工整理生物知识的虚拟细胞模型 PIE

    Arc Institute 发布虚拟细胞模型 PIE,利用人工整理的生物知识预测未见细胞情境、扰动及其组合中的群体响应。在各设置下,PIE 分类差异表达基因的 AUPRC 达到最强竞争方法的 1.2 to 3.2 times,未见扰动时增幅最大,但情境与扰动均未见时准确率会下降。完整代码、训练与评测流水线已上 GitHub,模型检查点和处理后的公开数据集已发布在 Hugging Face。

    推荐理由:PIE将人工整理的生物知识作为输入,并给出跨未见扰动、细胞情境和数据集的对比结果,便于理解其泛化范围与限制。

已经到底了