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scPCIP实现未见物种植物细胞注释

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AI 综述

Yang S.等作者提出并验证scPCIP,利用跨物种保守的直系同源基因程序,在无参考数据时为训练集中未出现的植物物种标注细胞类型。该方法从112,905个作者标注细胞中学习根、叶、花和种子的细胞类型程序;在26个留出数据集上,其表现优于基于标记基因的方法和植物深度学习方法,与使用同一图谱训练的监督分类器相当。 scPCIP迁移至一项独立研究时准确率较低,但其细胞类型程序在空间转录组中符合组织位置;方法以CC-BY 4.0许可开放。

AI 根据报道生成 · 43 分钟前更新

报道时间线

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11月4日
  1. bioRxiv · Bioinformatics
    scPCIP 利用跨物种保守基因程序实现植物细胞类型注释

    scPCIP基于跨物种保守基因程序,在无参考数据的情况下为训练集中未出现的植物物种进行细胞类型注释。研究利用112,905个作者标注细胞对应的直系同源基因群,学习根、叶、花和种子的细胞类型程序。

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