scSTEC实现单细胞染色质亚区注释
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scSTEC实现单细胞染色质亚区注释
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Peng、Yang和Ge开发scSTEC，可直接从单个scHi-C接触矩阵注释染色质亚区室，无需数据插补、复杂上游处理或跨细胞信息共享。该框架利用scGHOST估计的间染色体矩阵所具有的rank 2低维结构，通过二维基因组嵌入和染色体共识完成划分。 在bulk Hi-C、降采样模拟及多个真实scHi-C数据集上，scSTEC的注释结果与scGHOST可比，并呈现与细胞类型、发育动态、基因表达和表观遗传特征的关联。代码已在GitHub免费公开。
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最新进展11月3日 00:00
scSTEC利用单细胞Hi-C二维嵌入与染色体共识注释染色质亚区室报道时间线
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11月3日
- bioRxiv · BioinformaticsscSTEC利用单细胞Hi-C二维嵌入与染色体共识注释染色质亚区室
scSTEC可直接从单个scHi-C接触矩阵注释染色质亚区室，无需数据插补、复杂上游处理或跨细胞信息共享。它利用scGHOST估计的间染色体矩阵具有rank 2这一低维结构，通过二维基因组嵌入和染色体共识完成划分；在bulk Hi-C、降采样模拟及多个真实scHi-C数据集上，注释结果与scGHOST可比，并呈现与细胞类型、发育动态、基因表达和表观遗传特征的关联。
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