InSpace量化亚细胞RNA组织
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InSpace量化亚细胞RNA组织
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AI 综述
Niu和Zheng在bioRxiv发表预印本，提出InSpace框架，用于量化空间转录组中RNA的亚细胞定位和距离依赖共现。模拟与独立生化参照支持其测量准确性，并已在含2.75亿条转录本的数据集上展示扩展性。 其中，InSpace-R以细胞核和细胞边界为锚点建立连续径向坐标，InSpace-C测量分子随距离变化的共现或耗散。对58个肿瘤数据集、12种癌症中B细胞和浆细胞的分析显示，MHC-II转录本丰度降低与更外周的定位及更强的相互共现相伴，并可与富集内质网靶向蛋白的程序相区分。
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最新进展11月2日 00:00
InSpace量化亚细胞RNA定位与分子共现报道时间线
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11月2日
- bioRxiv · Cancer BiologyInSpace量化亚细胞RNA定位与分子共现
InSpace预印本提出可扩展框架，量化空间转录组中RNA的亚细胞定位和距离依赖共现。InSpace-R将转录本映射到以细胞核和细胞边界为锚点的连续径向坐标，InSpace-C测量分子对随距离变化的共现或耗散；模拟、生化参照及275 million transcripts数据集支持其测量准确性并展示扩展性。
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