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PGL以系统发育树辅助微生物组特征选择

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AI 综述

Zhu等提出系统发育引导的全局—局部收缩方法(PGL),通过贝叶斯回归识别与暴露相关的ASV相对丰度差异,并在系统发育树控制下自适应共享信息。模拟消融实验显示,当关联与树结构一致时,跨类群借用信息可提高检出功效,并改善非零系数估计。 在HIV口腔微生物组分析中,PGL保留了总体关联模式,并新增选出三个ASV。

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11月3日
  1. bioRxiv · Bioinformatics
    PGL:用于微生物组特征选择的系统发育引导全局—局部收缩方法

    研究者提出系统发育引导全局—局部收缩方法 PGL,以贝叶斯回归识别 ASV 相对丰度与暴露相关的差异,并在系统发育树控制下自适应共享信息。模拟消融显示,关联与树结构一致时,跨类群借用可提高检出功效并改善非零系数估计;在 HIV 口腔微生物组分析中,保留总体关联模式并新增选出三个 ASV。

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