研究呼吁基因组提交时强制采集元数据
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研究呼吁基因组提交时强制采集元数据
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AI 综述
Lee、Lodha和Alvarez-Jarreta提出，基因组组装提交时应将倍性、品种和亚基因组结构列为必填的受控词表属性，而非事后从文献中恢复；基准测试显示，文献恢复流程仍会遗漏信息。 在82个组装的基准测试中，当前版本报告1个倍性错误；在1,059个植物组装的较早宽松版本中，约一半能从关联文献找到倍性，另有近三分之一虽找到文献却没有倍性陈述。该建议建立在INSDC和基因组标准联盟现有清单基础上。
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最新进展11月4日 00:00
设计造成的缺失：基因组元数据为何应在提交时采集，而非从文献中恢复报道时间线
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11月4日
- bioRxiv · Bioinformatics设计造成的缺失：基因组元数据为何应在提交时采集，而非从文献中恢复
Lee、Lodha 和 Alvarez-Jarreta 论证基因组元数据应在提交时强制按受控词表采集，并报告从文献恢复属性的流程仍会遗漏信息。在 82 assemblies 的 benchmark 上，当前版本报告 1 个错误的倍性；在 1,059 plant assemblies 上，较宽松的早期版本仅在约一半装配的关联文献中找到倍性，另有近三分之一找到文献但未找到倍性陈述。
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