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Visium HD单细胞重建的分割边界

1 篇报道1 个报道来源2 天前更新

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AI 综述

Massimino和Ungaro评估两例克罗恩病相关纤维化狭窄肠道Visium HD切片的20种分割配置后认定,现有bin级输入不足以支持可靠的回顾性单细胞重建。研究使用988,942个原始8 µm bin,按统一的bin中心规则在原图像坐标中分割,未重启Space Ranger或引入更高分辨率表达;38个非空“配置—切片”组合均以同一套九组scIBD参考数据运行原生全模式RCTD。 这一结论限定于当前输入的局限,并不表示无法从合适的原始数据开展细胞分辨率分析。

AI 根据报道生成 · 2 小时前更新

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11月1日
  1. bioRxiv · Bioinformatics
    纤维化狭窄型 Crohn 病的 Visium HD 图谱中 RNA 分配与分割几何特征

    Massimino 和 Ungaro 在 2 张 Crohn 病纤维化狭窄肠道切片中评估 20 种分割配置,现有 Visium HD bin 级输入未能支持可靠的回顾性单细胞重建。

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