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SpaceBlocks工作流用于空间转录组队列分析

1 篇报道1 个报道来源1 天前更新

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AI 综述

Oterino-Sogo等提出并验证了用于队列级单细胞分辨率空间转录组分析的Snakemake工作流SpaceBlocks;团队通过重分析37个公开Visium HD、Xenium 5K和MERSCOPE样本,展示了该流程在异构平台数据上的应用。 SpaceBlocks将不同平台输出统一为通用数据格式并校验数据结构。分析中先由专家通过逐样本质量控制和细胞类型注释诊断图进行监督,之后下游分析自动运行;其设计重点是专家监督,而非完全自动化。

AI 根据报道生成 · 26 分钟前更新

报道时间线

沿着报道,了解事件的不同侧面。

11月2日
  1. bioRxiv · Bioinformatics
    SpaceBlocks:面向队列级空间转录组分析的专家监督工作流

    SpaceBlocks 是一个 Snakemake 工作流,用于单细胞分辨率空间转录组数据的可复现队列级分析,它将 Visium HD、Xenium 等异构平台输出统一为通用数据格式,并以专家监督优先于全自动流程。

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还没有足够的连续观测数据,暂不绘制趋势。