bioRxiv · Bioinformatics· Ji, B., Ji, Z. ·2026-11-03 00:00· 1 天前精选AI 评分80

VIGAT：用视觉语言模型从单细胞 ATAC-seq 量化基因活性

VIGAT: VLM-guided gene activity quantification from single-cell ATAC-seq

AI 导读

研究团队提出 VIGAT，用视觉语言模型（VLM）自动解读单细胞 ATAC-seq 的覆盖度图，实现自适应的基因活性量化。该工具联合考察多个 marker 基因的可及性模式，整合基因组注释与生物学背景，筛选富含簇判别信号的基因特异性区域，并据此生成基因×细胞活性矩阵。

推荐理由

用视觉语言模型自动挑选基因特异性可及区域，并在196对单细胞 RNA-seq 与 ATAC-seq 数据上对比五种已有方法，同时给出开源 R 包实现。