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bioRxiv · Bioinformatics· Nakamae, K., Bono, H. ·· 2 天前AI 评分53

tWhEEL:利用转录组组装量化 CRISPR 敲除可行性的流程

tWhEEL: a transcript-aware workflow for quantifying CRISPR knockout feasibility using transcriptome assembly

AI 导读

tWhEEL通过转录本信息推断基因冗余,并将其与CRISPR-Cas9候选guide RNA设计交叉匹配,为单个基因和功能类别计算敲除可行性指数KFI。流程整合GO与通路注释,生成可交互HTML报告,串联相关基因、候选靶位点和QuickGO或WikiPathways链接。酵母和斑马鱼数据集呈现不同靶向特征,斑马鱼Fanconi贫血案例从已发表设计中找回19个靶位点中的14个。

来源:bioRxiv · Bioinformatics · biorxiv.org