bioRxiv · Bioinformatics· Rusnak, L., Weber, L. M. ·· 3 天前AI 评分55
smoothclust 框架量化空间转录组空间域边界密度
smoothclust: Spatial smoothing and boundary-density summaries for spatial transcriptomics
AI 导读
Rusnak 与 Weber 提出 smoothclust 框架,用空间平滑聚类生成空间域标签,并以边界密度指标量化组织结构。边界密度可使用该流程生成的标签、外部聚类结果或人工注释,相对边界密度则通过随机重标记期望进行组成校正。该方法已在多个空间转录组平台数据集与模拟中评估,smoothclust R 包免费提供于 Bioconductor 和 GitHub。
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